1958年，研制成功我国第一台军用电子计算机“901型鱼雷艇指挥仪”。
1960年，组建中国人民解放军军事工程学院(“哈军工”)海军工程系指挥仪与电子计算机科。
1964年，研制成功我国最早一批采用国产晶体管的“441-B系列计算机”。
1966年，组建“哈军工”电子计算机系（六系）。
1970年，组建哈尔滨船舶工程学院（“哈船院”）的计算机专业。
1976年，成立“哈船院”的计算机科学技术系，先后设立计算机及应用专业和计算机软件专业。
1978年，“277乙机”和“海鹰－Ⅱ号导弹指挥仪”获全国科学大会奖。
1982年，“哈船院”六系由计算机科学技术系更名为计算机与信息科学系。
1984年，取得计算机应用技术硕士学位授予权。
1984年，组建计算中心。
1994年，学校更名为哈尔滨工程大学。
1998年，计算机及应用专业和计算机软件专业合并为计算机科学与技术专业。
1998年，获计算机软件与理论硕士学位授予权。
1998年，获计算机应用技术二级学科博士学位授予权。
2001年，成立哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院。
2001年，设立计算机科学与技术博士后流动站。
2003年，获批软件工程专业（本科）。
2003年，获计算机科学与技术一级学科硕士学位授予权。
2003年，获计算机系统结构硕士学位授予权。
2007年，计算机本科实验中心获批黑龙江省实验教学示范中心。
2007年，学院按电气信息类（含计算机科学与技术和软件工程两个本科专业）招生，并在计算机科学与技术专业下增设信息安全专业方向和ACM实验班。
2008年，获批信息安全专业（保密特色）。
2008年，成立哈尔滨工程大学软件学院。
2010年，成立哈尔滨工程大学国家保密学院。
2011年，获计算机科学与技术、软件工程两个一级学科博士学位授予权。
2011年，计算机应用技术、计算机软件与理论两个学科获批黑龙江省重点学科。2017年，教育部第四轮学科评估，计算机科学与技术一级学科获评B+（位于全国前20%）；软件工程一级学科获评B（位于全国前30%）。
2013年，获批电子政务建模仿真国家工程实验室,是我国电子政务领域唯一的国家级工程实验室。
2017年，信息安全专业通过第1轮工程教育专业认证。
2018年，软件工程专业通过第1轮工程教育专业认证。
2019年，计算机科学与技术专业通过第3轮工程教育专业认证，全国第10个通过工程教育认证的计算机专业。
2019年，计算机科学与技术专业获批“国家级一流专业”建设点。
2020年，信息安全（国防特色紧缺专业）第二学士学位开始招生。
2020年，新增“网络安全技术与工程”目录外二级学科。
2020年，软件工程专业获批“国家级一流专业”建设点。
2020年，信息安全专业获批“省级一流专业”建设点。
2021年，软件学院获批国家级首批特色化示范性软件学院。
2021年，信息安全专业获批“国家级一流专业”建设点。
2021年，获批国家级计算机类专业系统能力培养试点。
2022年，获批教育部首批虚拟教研室。
2023年，获批黑龙江省首批基础学科高水平培养基地。