国家保密学院的科研工作主要服务国家保密事业科学发展的要求，适应新形势、新任务下国家对保密技术发展的迫切需要，在培养保密人才的基础上，依托计算机科学与技术、信息安全和软件工程等学科，开展跨学科跨领域的保密技术、保密管理等方向科研项目研究。