哈尔滨工程大学国家保密学院是根据国家保密事业科学发展的要求，适应新形势、新任务下对保密专业人才的迫切需要，由国家保密局依托哈尔滨工程大学计算机科学和信息安全学科专业平台，充分整合管理、法律、人文学科专业资源，于2010年成立的我国首家理工背景的保密专业学院。
国家保密学院与计算机科学与技术学院共享学科平台和师资，并吸收经济管理学院和人文与社会科学学院的优质师资，同时聘请保密行政管理部门的领导和专家作为兼职教师，组成了一支实力雄厚、具有敬业精神的教学科研队伍。保密学院设有“信息安全”本科专业，致力于培养有技术、善管理的复合型保密专门人才。
信息安全专业，培养具有宽厚的理工基础，掌握信息科学和管理科学专业基础知识，系统掌握信息安全专业知识，政治思想过硬，具有良好的学习能力、分析与解决问题能力、实践与创新能力，重技术、懂管理的复合型保密人才。
哈尔滨工程大学国家保密学院于2010年被授权作为国家保密教育培训基地哈尔滨分基地开展相关保密教育培训工作。
2021年，信息安全专业获批国家级一流本科专业建设点。